ルール：1請求書・税率ごとに1回
国税庁のQ&A（問57）では、1つのインボイスにつき税率ごとに1回の端数処理を求めています。切り捨て・切り上げ・四捨五入のどれを使ってもかまいません。
「1円ずれる」のはなぜ？
品目ごとに消費税を計算して端数処理し、それを合計すると、合計額にまとめて計算した場合と1円程度ずれることがあります。例えば1,999円の品目を3つ請求するとき、品目ごとに切り捨てると199円×3＝597円ですが、合計5,997円にまとめて計算すると599円です。インボイスでは599円が正しい記載です。
税込の場合の計算
税込金額で請求する場合は、税率ごとの税込合計×10/110（8%なら8/108）で消費税額を出し、同じく1回だけ端数処理します。税込11,000円なら消費税は1,000円です。
このルールは請求書作成ツールに組み込まれています。